Atualidades

30-10-2018

A Fondation Toulouse Cancer Santé, o Inserm e o Institut de Recherche Pierre Fabre lançam a primeira cátedra de bioinformática em oncologia para a investigação em imuno-oncologia no Oncopole de Toulouse

A Fondation Toulouse Cancer Santé é uma fundação de utilidade pública dedicada à investigação médica contra o cancro, reconhecida desde o dia 5 de maio de 2006

O Centre de Recherches en Cancérologie de Toulouse (CRCT) é uma unidade mista de investigação Inserm/Universidade de Toulouse III-Paul Sabatier, constituído por 20 equipas, das quais 4 também fazem parte do CNRS

O Institut Universitaire du Cancer de Toulouse-Oncopole (IUCT-Oncopole) é um hospital exclusivamente dedicado aos doentes oncológicos com mais de 300 camas, que associa o CHU de Toulouse e o Institut Claudius Regaud (Centre de Lutte Contre le Cancer)

 Parceiros históricos do Oncopole de Toulouse, os Laboratórios Pierre Fabre fizeram da oncologia o primeiro eixo de Investigação e Desenvolvimento do medicamento

 

Toulouse (França), Castres (França), 2 de outubro de 2018 – A Fondation Toulouse Cancer Santé, o Inserm e o Institut de Recherche Pierre Fabre, importantes intervenientes do campus do Oncopole de Toulouse, criaram a primeira cátedra de bioinformática em oncologia sobre a investigação em imuno-oncologia. Para a linha da frente, foi nomeada Vera Pancaldi, física especializada em biologia de sistemas, que assumiu funções no Inserm no dia 3 de setembro de 2018 no Centre de Recherches en Cancérologie de Toulouse (CRCT). Para além da iniciativa lançada hoje, a estratégia global do Inserm no CRCT, do Institut Universitaire du Cancer de Toulouse-Oncopole (IUCT-Oncopole) e da Pierre Fabre consiste em reforçar as parcerias públicas e privadas em oncologia.

Construção conjunta académica e industrial

A criação da cátedra de bioinformática em oncologia associa durante cinco anos a Fondation Toulouse Cancer Santé, o Inserm e o Institut de Recherche Pierre Fabre (IRPF) numa iniciativa de construção conjunta académica e industrial derivada da investigação em imuno-oncologia e da medicina translacional no Oncopole de Toulouse.

Segundo o protocolo de acordo e a convenção da cátedra, o Institut de Recherche Pierre Fabre e a Fondation Toulouse Cancer Santé investirão cada um 1 milhão de euros em cinco anos (200 000 € por ano). A Cátedra será integrada nas equipas do CRCT no edifício do Inserm no Oncopole, que fornecerá as estruturas técnicas e participará também com 335 000 € no projeto.

A gestão da Cátedra será assegurada por uma comissão científica tripartida que se reúne pelo menos uma vez por ano. A comissão será composta por dois membros do IRPF, por dois membros representantes do Inserm e por dois membros designados pela Fondation Toulouse Cancer Santé.

Especialização em bioinformática no cerne da colaboração

A Cátedra será ocupada por Vera Pancaldi, investigadora de renome internacional, com um perfil inovador em bioinformática e biologia de sistemas. Os seus trabalhos atuais debruçam-se sobre a heterogeneidade celular e a arquitetura 3D do genoma, no departamento de Life Science no Computational Biology Group do Barcelona Supercomputing Center (BSC).

Com a Cátedra, a vontade consiste em dispor de uma interlocutora líder em bioinformática para o CRCT, que pretende tornar-se um centro especializado na gestão de "dados" de oncologia. Assim, Vera Pancaldi terá como primeira missão formar uma equipa de cinco especialistas em bioinformática (mestres e doutores) para constituir um viveiro de talentos nesta disciplina em plena expansão.

A sua força será também ocupar uma posição central na dinâmica da parceria, na interação das trocas entre o CRCT, o IUCT-Oncopole e o IRPF. Vera Pancaldi terá acesso à plataforma tecnológica do CRCT, em particular às estruturas bioinformáticas necessárias para as investigações, bem como aos dados dos doentes recolhidos pelos médicos das instalações hospitalares. A profissional trabalhará também diretamente com os especialistas em bioinformática da Pierre Fabre.

Graças a esta Cátedra de abordagem muito concreta, a ambição consiste em acelerar o ritmo do desenvolvimento de novos medicamentos com vista a uma medicina personalizada. O CRCT e o IUCT-Oncopole privilegiam dois eixos de colaboração: a recolha e a análise de dados para facilitar a escolha terapêutica e constituir cadeias de "dados" para os projetos internos, bem como a identificação de novos genes que serão futuros biomarcadores ou alvos terapêuticos.

Um fator de atratividade para a dinâmica de parceria

A Cátedra participará também ativamente na vida científica, nas publicações e na cobertura do CRCT e contribuirá para elevar o campus de Toulouse a um nível de excelência internacional capaz de atrair talentos de todo o mundo.

Enquanto titular da Cátedra, Vera Pancaldi poderá dar um contributo duplo.

Em primeiro lugar, prosseguirá a sua colaboração com o departamento de Life Science do Barcelona Supercomputing Center (BSC), construído em torno da "Mare Nostrum", uma das supercalculadoras mais avançadas da Europa. A abordagem Big Data é um ponto forte da especialização do BSC. O desafio para o futuro consistirá em explorar novas abordagens de deep learning e de Inteligência Artificial (IA) com os informáticos e matemáticos das instalações de Toulouse.

De seguida, dará um novo impulso à dinâmica de rede das instalações de Toulouse, uma vez que doravante será a partir de Toulouse que Vera Pancaldi manterá a dinâmica de inovação do Cambridge Network Networks, uma "Rede de Redes" que cofundou em setembro de 2011 e que reúne hoje uma comunidade de 400 pessoas interessadas pelo estudo das redes.

Estes pontos fortes contribuirão para desenvolver todo um ecossistema e viveiro de talentos em torno da Cátedra no campus do Oncopole de Toulouse. A chegada de Vera Pancaldi é apenas uma primeira etapa na colaboração da Pierre Fabre com as estruturas académicas e privadas do Oncopole, com o objetivo futuro de acelerar as parcerias industriais no espírito de "open innovation".

"Interrogar os Big Data numa parceria público-privada"

Alexandre Passioukov, Diretor do departamento de Medicina translacional, I&D Pierre Fabre

"A exploração dos Big Data tornou-se atualmente uma fonte de inovação biomédica incontornável. É um ponto em comum para o mundo académico e farmacêutico. O projeto ambicioso proposto por Vera Pancaldi, especialista no domínio da bioinformática, apresenta sinergias evidentes com as nossas atividades de investigação e desenvolvimento em oncologia. Com efeito, a identificação de marcadores de resposta, assim como a descoberta de novos alvos terapêuticos, passam invariavelmente pela análise dos dados em massa do tipo "ómicos" da resistência aos tratamentos existentes. Estamos satisfeitos com o lançamento deste projeto de 5 anos com o CRCT e a Fondation Toulouse Cancer Santé, projeto a que se seguirão outras iniciativas de colaboração no âmbito de uma aliança estratégica da Pierre Fabre no seio do Oncopole de Toulouse".

"Inserir a tecnicidade para a análise de dados em massa"

Gilles Favre, Diretor científico e Diretor do Laboratoire de Biologie Médicale Oncologique do Institut Universitaire du Cancer de Toulouse-Oncopole (IUCT-Oncopole), Diretor do Cancéropôle Grand Sud-Ouest, Diretor du Centre de Recherche en Cancérologie de Toulouse (CRCT) (UMR Inserm/Universidade de Toulouse III Paul Sabatier e ERL CNRS)

"Com a explosão dos "big data" genómicos na oncologia, Vera Pancaldi insere uma nova tecnicidade no CRCT na análise de grandes massas de dados. Temos 22 000 genes e podemos sequenciá-los integralmente. Também somos capazes de conhecer a expressão desses genes. Isto corresponde a dezenas de milhares de mensagens realizadas pelas nossas estruturas, gerando imensos dados. Nas suas investigações, Vera Pancaldi poderá beneficiar das análises do CRCT sobre o genoma de célula única e o transcriptoma da célula única. Colocaremos à sua disposição o nosso laboratório real (Wet-Lab) para a recolha e análise de células e biologia molecular e o nosso laboratório virtual (Dry-Lab) para o armazenamento e a gestão de dados a partir de computadores. Os seus trabalhos darão origem à colaboração com os informáticos e matemáticos das instalações de Toulouse para ir mais longe na construção de algoritmos de aprendizagem (deep learning, IA)".

"Reforçar a visibilidade e a abertura ao mundo económico"

François Amalric, Diretor-Geral da Fondation Toulouse Cancer Santé

"Para a Fondation Toulouse Cancer Santé, a criação da Cátedra é já uma conquista, com a chegada de uma especialista em dados de renome internacional, com vista a fazer das instalações um centro de excelência. O desafio consiste em reforçar as competências em bioinformática na perspetiva de desenvolver novas parcerias com os industriais. A Cátedra permitirá aumentar a visibilidade dos nossos projetos de investigação e a sua abertura ao mundo económico".

"Concentrar as minhas investigações na heterogeneidade tumoral"

Vera Pancaldi, titular da cátedra de bioinformática em oncologia

Para além das suas competências específicas em bioinformática, o que impressiona em Vera Pancaldi é o seu perfil internacional e a sua adaptabilidade aos atuais desafios de investigação em imuno-oncologia. Física, titular de um doutoramento em Física aplicada a sistemas complexos, começou a trabalhar a genómica funcional da levedura no laboratório do Professor Bähler, no Wellcome Trust Sanger Institute, e depois no University College London, em Inglaterra. "Pensava que não existiam sistemas mais complexos do que os organismos vivos", destacou Vera Pancaldi. Continua a ser investigadora pós-doutoramento em epigenética vegetal na equipa do Professor Baulcombe, na Universidade de Cambridge. Há seis anos, decidiu lançar-se numa nova aventura na investigação do cancro para abordar o desafio da medicina personalizada. Obteve uma bolsa FEBS para integrar o "Structural Biology and Bio-computing Group", do Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas (CNIO), em Madrid, Espanha. "Levei a cabo investigações sobre a modelização matemática do crescimento tumoral a partir de dados moleculares", declarou Vera Pancaldi. "Também comecei a envolver-me no projeto de investigação europeu BLUEPRINT epigenoma, que visa caracterizar o epigenoma de diferentes células sanguíneas em pessoas saudáveis". No ano passado, esta experiência conduziu Vera Pancaldi ao seu cargo atual de investigadora do Computational Biology Group no departamento de Life Science do Barcelona Supercomputing Center (BSC), onde realiza investigações sobre a heterogeneidade celular e a arquitetura do genoma em 3D. Estará sempre ligada ao BSC e participará no programa Bioinfo4Women. Os trabalhos que realizou sobre sistemas complexos e epigenética foram muitas vezes reconhecidos e aclamados pelos seus pares.

No dia 3 de setembro de 2018, Vera Pancaldi assumiu a responsabilidade pela prestigiosa cátedra de bioinformática em oncologia criada pela Fondation Toulouse Cancer Santé, pelo Inserm e pelo IRPF. "Vou concentrar-me no estudo da heterogeneidade do tumor através de trabalhos de simulação da evolução do tumor no seu microambiente", acrescentou Vera Pancaldi. "O desafio consiste também em compreender de que forma o sistema imunitário interage com o tumor". Neste eixo, Vera Pancaldi irá colaborar com Pierre Cordelier, diretor de investigação no Inserm e chefe de equipa no CRCT, que já está envolvido em investigações pioneiras dedicadas à caracterização de tumores do pâncreas à escala da célula única, nomeadamente à mobilização de uma resposta imunitária contra esses tumores que continuam a ser um verdadeiro problema de saúde pública pela sua elevada resistência aos tratamentos atuais. "As tecnologias avançadas do CRCT permitem estudar os diferentes fenómenos estudando o tumor ao nível da célula única", prosseguiu Vera Pancaldi.

"Este novo cargo permitir-me-á desenvolver outras cooperações com os membros do CRCT, assim como com o exterior para implementar a rede de colaborações públicas e privadas do centro no âmbito dos tratamentos direcionados", concluiu.