Atualidades

30-10-2018

Segundo desafio de ia médica organizado pela Pierre Fabre: 24 horas intensas onde todas as promessas são cumpridas!

Mais intenso, mais "techno", mais "fun", o 2.o Desafio de IA Médica, organizado nos dias 4 e 5 de julho, no âmbito da 12.ª edição da Universidade de Verão de saúde eletrónica, conquistou por unanimidade os 30 participantes neste original hackathon. Os especialistas em Deep Learning e em IA dispuseram-se a enfrentar um grande desafio lançado pelas equipas de investigação clínica da Pierre Fabre Dermo-Cosmétique: determinar uma nova abordagem algorítmica de classificação das queimaduras solares no âmbito da prevenção do cancro da pele. O tema do desafio está em perfeita sintonia com as prioridades de investigação do grupo (dermatologia, prevenção e tratamento do cancro). Apesar de a IA ainda se encontrar num estado embrionário na área da saúde, este é um tema identificado como eixo estratégico para o futuro dos Laboratórios Pierre Fabre.

24 horas intensas para recompensar 3 vencedores

Após 24 horas de competição intensa entre 8 equipas compostas por 30 participantes no total, a vencedora foi a startup QuantaCell, especializada no tratamento de imagens e dados para análise biomédica. A startup UnovIT, especializada em Internet das Coisas (IoT), eletrónica e desenvolvimento, foi a segunda qualificada. Em terceiro lugar, distinguiu-se um grupo de quatro estudantes no último ano do mestrado em informática e bioestatística da Universidade de Montpellier. A segunda edição do Desafio atraiu numerosos talentos e perfis variados.

Uma vez instalados os ambientes, em particular a plataforma Microsoft Cloud Azure, colocada à disposição dos participantes e equipada com os mais recentes processadores gráficos NVIDIA, cada equipa debruçou-se sobre um conjunto de dados correspondente a 4750 imagens para um total de 38 GB de dados recolhidos e qualificados especificamente para o Desafio pelo centro de investigação clínica da Pierre Fabre Dermo-Cosmétique.

O objetivo consiste em propor um algoritmo que permita determinar automaticamente a dose eritematosa mínima (DEM), ou seja, o primeiro eritema solar, a partir de uma imagem complexa. Com efeito, a determinação da DEM é uma etapa essencial da avaliação dos fatores de proteção dos fotoprotetores, explicou Gwendal Josse, Responsável pela equipa de Biofísica, Bioestatística e Tecnologias digitais no âmbito da Investigação e Desenvolvimento da Pierre Fabre Dermo-Cosmétique e na origem do tema deste desafio

A equipa de Victor Racine, fundador da Quantacell, obteve uma classificação notável no desafio das 24 horas, conquistando o primeiro lugar. O desafio baseou-se num trabalho de reconhecimento de imagens semelhante ao 1.o Desafio de IA Médica, relativo à deteção de melanomas a partir de imagens de dermatoscopia de sinais, entre outros.

As equipas efetuaram um trabalho de normalização da amostra de imagens que lhes foi apresentada para conceber um algoritmo de previsão tão fiável quanto possível", referiu Thierry Picard, Diretor Digital da divisão de Medicamentos e Saúde da Pierre Fabre. "No Desafio, a aposta da IA consistiu em reforçar o método de avaliação atual da DEM (dose eritematosa mínima) para determinar índices de fotoproteção com maior fiabilidade.

Este desafio permitiu confirmar que a classificação das queimaduras solares por análise de imagens era uma pista interessante a seguir.

A Pierre Fabre recompensou os dois primeiros classificados com uma dotação financeira (5000 € para o primeiro classificado e 2000 € para o segundo), bem como com o acesso à sua rede de especialistas e profissionais. A terceira equipa recebeu um prémio especial oferecido pela parceira NVIDIA: um kit de desenvolvimento Jetson TX2. Para além disso, no prolongamento do hackathon, todos os candidatos poderão integrar, se assim o pretenderem, o programa de aceleração "Inception" da NVIDIA para beneficiarem de acompanhamento no desenvolvimento e acelerarem a solução de IA nas mais recentes plataformas GPU e DL da NVIDIA.

Brainstorming, trabalho em rede e ambiente agradável

O ambiente "hackathon" funcionou em pleno no campus universitário de Castres. Num clima de interação sério, mas alegre e muito estimulante, os 30 participantes dedicaram-se ao "brainstorming" num espaço dedicado ao desafio na faculdade de engenharia da ISIS. A orientação ao longo da maratona ficou a cargo de seis especialistas em saúde eletrónica, "data scientists" e especialistas técnicos da Microsoft, Pierre Fabre, Keyrus Life Science e NVIDIA.

Este ano, contámos também com a presença de Jimmy Le Digabel, encarregado da investigação em Biofísica, Bioestatística e Tecnologias Digitais do Centro Clínico do Hôtel Dieu, para estabelecer a ligação concreta com o caso de utilização proposto, declarou Thierry Picard.

Ficamos sempre surpreendidos com a capacidade de trabalho, a extensão das competências e a vontade dos nossos participantes para em 24 horas, de dia e de noite, superarem o Desafio, prosseguiu Thierry Picard. Os perfis são muito variados: estudantes, startups ou PME. Algumas equipas foram formadas antes e outras durante o hackathon. Algumas vieram avaliar o respetivo nível de experiência e agilidade num espírito da competição e outras procuraram estabelecer relações com a Pierre Fabre e analisar as perspetivas de futuro no âmbito do recrutamento. 

A próxima etapa para a Pierre Fabre consistirá em promover o trabalho das equipas e empresas vencedoras, a partir das pistas de ação determinadas a partir deste 2.o Desafio de IA Médica, num projeto concreto de investigação ao serviço dos profissionais de saúde e dos doentes, na pendência do 3.o Desafio de IA Médica, previsto para o final de 2018 ou início de 2019.

"Dois eixos estratégicos a respeitar com as equipas clínicas de investigação e desenvolvimento (I&D) da Pierre Fabre Dermo-Cosmétique".

Thierry Picard, Diretor Digital da divisão de Medicamentos e Saúde da Pierre Fabre

"Agora é o momento para realizar o debriefing interno com as especialidades da Pierre Fabre Dermo-Cosmétique, que nos confiaram este caso de utilização sobre as queimaduras solares, para verificar se existiam pistas a seguir", afirmou Thierry Picard, Diretor Digital da divisão de Medicamentos e Saúde da Pierre Fabre. "Os trabalhos levados a cabo durante as 24 horas colocaram em destaque dois eixos estratégicos com base nos quais podemos promover soluções".

"O hackathon revelou-se também interessante pelas interações que favorece entre os participantes e os colaboradores da Pierre Fabre para que estes "entrem em contacto com a tecnologia". "Em algumas horas, o hackathon reforça rapidamente as suas competências sobre o tema, com a oportunidade de imaginar novas utilizações que poderemos desenvolver depois", prosseguiu Thierry Picard.

"Outro interesse para a Pierre Fabre consiste em acelerar a transformação digital do grupo, nomeadamente sobre a questão dos dados, a sua governação e a sua valorização na empresa."

 

"Pretendemos ser um interveniente ativo nesta transformação à base de Deep Learning e IA".

Victor Racine, Presidente fundador da QuantaCell, empresa de prestação de serviços (CRO) sediada em Bordéus

No final da contagem decrescente, foi a QuantaCell que conquistou o 2.o Desafio de IA Médica da Pierre Fabre!

A vitória deveu-se particularmente ao binómio composto por Victor Racine, engenheiro informático com um doutoramento em biologia, que fundou a empresa em 2014, e pelo estagiário Damien Blanc, que acaba de se formar em Deep Learning em análise de imagens. "Foi o primeiro hackathon em que participámos", declarou Victor Racine, que apreciou o espírito do desafio, muito aberto e colaborativo entre os participantes. "O tema inscrevia-se perfeitamente nas atividades da QuantaCell, ou seja, proceder ao tratamento e à análise de imagens para as ciências da vida. Foi também uma oportunidade de demonstrar as nossas competências e dar visibilidade à empresa", prosseguiu Victor Racine.

A QuantaCell, empresa de prestação de serviços (CRO) sediada em Bordéus, ajuda as equipas de investigação que utilizam ferramentas de imagiologia a "quantificar", ou seja, a dispor de uma compreensão perfeita da imagem científica. A empresa já trabalha em diversas aplicações (oncologia, dermatologia e cosmética, biologia celular, etc.), nomeadamente com o Institut Curie, o Hospital de Bordéus e a Universidade de Montpellier.

"Existem muitas incertezas no âmbito dos desafios que ligam a análise de imagens à IA", referiu Victor Racine a propósito do 2.o Desafio de IA Médica da Pierre Fabre. "Em 24 horas, testámos cerca de dez métodos. Realizámos escolhas muito favoráveis". Desta primeira experiência intensa, há que reter os efeitos positivos do trabalho em equipa, entre perfis muito variados, e a capacidade de aprender com os problemas surgidos graças à monitorização dos especialistas da Pierre Fabre, NVIDIA, Microsoft e Keyrus Life Science.

"Estamos recetivos a qualquer sugestão e proposta de relacionamento e de trabalho em rede para a nossa empresa", concluiu Victor Racine. "Pretendemos ser um interveniente ativo, voluntário e envolvido nesta transformação à base de Deep Learning e IA para que tal possa beneficiar o conjunto da comunidade científica, assim como os profissionais de saúde e os doentes".

"O coaching por parte dos profissionais também contribui para o desempenho". 

Cyril Wangermez, engenheiro informático no CESI Bordeaux, um dos cinco fundadores da UnovIT

Três engenheiros especializados em informática e tecnologias digitais do Exia CESI Bordeaux, entre os cinco fundadores da UnovIT, concorreram ao 2.o Desafio de IA Médica da Pierre Fabre: Cyril Wangermez, Nathan Bruzat e Thomas Dalbert.

A UnovIT nasceu a partir de um projeto de empreendedorismo de estudantes iniciado em outubro último, tendo como base a GeoVital, uma pulseira "que salva vidas". Trata-se de uma pulseira ligada a uma aplicação dedicada que permite ajudar os socorristas a localizar e salvar populações na sequência de uma catástrofe natural.

A GeoVital desdobrou-se depois numa solução para utilização por trabalhadores isolados dos setores da construção e obras públicas e da indústria. A GeoVital deteta os acidentes de trabalho e de saúde dos utilizadores, alertando quem de direito, consoante o caso. Pode tratar-se de um centro de atendimento que confirma o alerta antes de o transmitir aos meios de socorro e/ou a terceiros de confiança definidos aquando da subscrição da GeoVital. Juntamente com cada alerta, a UnovIT pode fornecer um balanço detalhado do estado de saúde da pessoa acidentada, assim como a respetiva geolocalização, que a UnovIT apenas revelará em caso de deteção de acidente.

Em fase de constituição, a startup UnovIT especializou-se em informática e inteligência artificial. Sempre em busca de novos desafios, a presença da UnovIT no 2.o Desafio de IA Médica não suscitou qualquer dúvida a Cyril Wangermez. "Pretendemos equiparar-nos aos melhores na área da IA na saúde, sendo que a Pierre Fabre é um agente incontornável na área da saúde eletrónica", afirmou Cyril Wangermez. "Tivemos conhecimento do conjunto de dados e das plataformas. A Microsoft ajudou-nos a montar a arquitetura, a NVIDIA aconselhou-nos sobre os recursos GPU e a Keyrus Life Science sobre questões específicas. O coaching fornecido por profissionais e colaboradores atentos às necessidades também contribuíram para o desempenho de cada um". "Estávamos num ambiente de estudo, mas profícuo, com muitas interações entre todos os participantes relativamente ao modo de proceder", partilhou Cyril Wangermez. O que marcou a diferença para a equipa da UnovIT, que terminou em segundo lugar? "Uma grande sorte na escolha do método, que no final se revelou frutuoso, uma vez que competência é algo que todos tínhamos!", concluiu Cyril Wangermez. A UnovIT pretende permanecer "perto da Pierre Fabre" no futuro e já se está a preparar para o próximo hackathon!

"Viemos por curiosidade científica, interessados no desenvolvimento da inteligência artificial ao serviço da saúde".

 Anthony Brunel, estudante de mestrado em informática na Universidade de Montpellier

O terceiro qualificado do 2.o Desafio de IA Médica ainda não é uma startup, mas sim um grupo de quatro estudantes no último ano de mestrado na Universidade de Montpellier, muito motivados pelo projeto proposto pelo laboratório farmacêutico Pierre Fabre. Anthony Brunel e Nicolas Hlad, estudantes de mestrado em informática, e Fabien Barriau e Raphaël Romero, estudantes de mestrado em bioestatística, evoluíram no meio universitário. E foi o que consideraram imediatamente interessante no Desafio.

"Há poucos hackathons deste tipo realizados no contexto universitário", destacou Anthony Brunel, que reconhece que a escolha das instalações da faculdade de engenharia ISIS no campus universitário de Castres contribuiu para criar uma emulação positiva aquando do 2.º Desafio de IA Médica. 

A experiência revelou-se muito intensa para os quatro estudantes, "suscitando muitas questões no seio da equipa, num período de tempo muito limitado". Foram avançados dois motivos para a participação: "viemos pelo interesse no trabalho em rede e pela curiosidade em aprender o que faz a indústria farmacêutica", prosseguiu Anthony Brunel, satisfeito com este primeiro contacto enriquecedor com o laboratório farmacêutico, antes de retomar o caminho da universidade para concluir o último ano do mestrado.